La roccia su cui sorge Pietracupa si formò cinquanta milioni di anni fa in fondo al mare: è ricca, infatti, di molti fossili marini. Il suo nome è "la Morgia".
Il nome "Pietracupa" è latino e significa "pietra bucata": ciò vuol dire che già nell'epoca romana nella roccia esistevano delle grotte. Verso l'anno Mille sulla cima della Morgia fu costruito un castello di cui ormai restano poche tracce, a rimpiazzare tale castello negli anni trenta fu impiantata una pala eolica che trasmetteve energia eolica ad un generatore presente in una grotta verso Piazza Marconi, la piazza antistante la morgia.
Vicino al paese esisteva un'abbazia chiamata San Pietro in Formoso che scomparve dopo il terremoto del 1349. Prima del 1360 il signore Roberto di Pietracupa fece costruire poco lontano dalla Morgia la chiesa di San Gregorio Magno e fondò in campagna l'abbazia di Sant'Alessandro ma nel 1456 un altro terremoto distrusse chiesa e abbazia.
La chiesa fu spostata in una grotta della Morgia detta poi "la Chiesa vecchia" finché nel 1560 non fu ricostruita quella di San Gregorio. In quell'epoca il castello non era più abitato dai baroni de Regina e gli antenati delle famiglie ancora esistenti, pur nella grande povertà di quei tempi, costruirono case intorno alle mura abbandonate, organizzarono l'Università, il governo del paese con il parlamento dei capifamiglia, fondarono un Pio Ospedale, ricovero per pellegrini, malati e mendicanti.
I de Regina furono sostituiti nel 1600 dal barone d'Eboli di Castropignano e a metà del secolo, la baronessa d'Eboli Lucrezia Rocco venne ad abitare in un casale oggi detto "Casalotto" ai piedi della Morgia, ma poi vendette Pietracupa al marchese Paolo Francone di Salcito per 10.500 ducati facendo osservare che i vassalli, grazie alla buona aria del posto, producevano molto lavoro per il signore fino a tardissima età. Poco più tardi l'Università e il Pio Ospedale fecero scavare nella roccia la nuova chiesa di Sant'Antonio Abate a cui facevano capo i Monti frumentari per prestare sementi ai bisognosi e altro. Nonostante ciò una grande carestia uccise nel 1764 gran parte della popolazione.
Alla fine del 1700 il paese fu aggredito più volte dai briganti di Trivento e Pietravalle e nel 1799 fu occupato dalle truppe della Francia rivoluzionaria. Finalmente nel 1806 i "re francesi" mandati da Napoleone misero fine al regime feudale e i pietracupesi fecero costruire nel 1814 il campanile sulla Morgia come segno di autonomia civica. I re Borbone, però, tornati sul trono nel 1815, restituirono Pietracupa agli ex signori feudali, i cui eredi Caracciolo di Torchiarolo vendettero i loro fondi a privati.
Dopo l'unità d'Italia il brigante borbonico Nicola Martelli prese di mira i contadini del paese che lo catturarono e lo uccisero nel 1863. L'emigrazione era cominciata verso Roma già nel 1830, e con le rimesse degli emigranti dal1840 furono costruite nuove case ma la modernizzazione arrivò tardi: nel 1880 fu costruito il cimitero, e poi la strada Garibaldi che unendo Venafro a Trivento passa per Pietracupa; nel 1930 giunse l'elettricità pubblica, mentre le case private rimanevano al buio, e nel 1954 fu realizzata la rete idrica.
Durante la Seconda guerra mondiale, fra ottobre e novembre del 1943, Pietracupa si trovò sulla linea del fuoco, occupata dai Tedeschi e bombardata dagli Alleati. Nel dopoguerra l'emigrazione riprese e oggi forti nuclei di pietracupesi esistono negli USA, a Roma e in varie città e parti del mondo. Molti tornano spesso nel loro piccolo paese i cui abitanti, pochi di numero, conservano ancora l'antica vitalità.
